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で、今日コンポストサンプルからのDNA抽出予備実験をやることになる。以下、その手順の覚え書き。
1.遠心管(ビニル製な50mL)の中に試料(ここでは土とコンポスト)を入れ、その重量を測っておく。もちろん後で同じサンプルの乾重量を計っておくのを忘れてはいけない。
2.バッファー(50mM Tris HCl(pH8.0),125mMEDTA(pH8.0)(←この二つはキレート作用兼緩衝作用剤),100mMNaCl(←生理食塩水?),2%(w/v) sodium N-lauroylsarcosinate(←界面活性剤(セッケン)、細胞膜を壊す),1%(v/v)2-mercaptoethanol(タンパク質のS-S結合を分解する))を各々15mLずつ入れ、メルカプトエタノールを0.1μL入れる(←前述にメルカプトエタノールがバッファーの中にあると記されているが、どうもなかったらしい)。
3.ボルテックスでサンプルを撹拌した後、振とう培養機にて30分インキュベートする
(ボルテックスの際、土サンプルに比較してコンポストサンプルは比重が軽いので「モノ同士のかち合わせによる分解」が進みにくそうだ。ガラスビーズなどが必要となるか)
4.20分、3500rpm、20度で遠心分離機にかける。
(その結果、どちらも全く沈殿していなかった。よって次の作戦としてフェノール抽出を行なう)
5.フェノール、クロロホルム、イソアミルアルコールを25:25:1程度の割合で20mL加え、よく混ぜた上で再び遠心分離機にかける。
(結果、土サンプルはフェノール層に分離が出たが、コンポストサンプルは分離が不明瞭。おそらくサンプル内の腐植酸(即ちフェノール)が加えたフェノールに引っ張られたためと考えられる)
6.両サンプルの上澄(フェノール層)を取り出し(12.5mLくらい)、あとは捨て、ここに量にして1/5の5M酢酸アンモニウム、9mLのプロパノールを入れ、よく混ぜてまた遠心。
(結果、それらしきものが…出たはず)
7.エタノールで腐植酸を抽出、粗DNAを沈殿させておいておく。使うときにはエタノールを捨て、バッファーに溶かす。
8.今日はここまで
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メシの合間にGGXをやる。いきなり入って来る対戦。1,2戦目はカイ、3,4戦目はチップ。カイはSのやつほどきつい攻めではなかったので、中段必殺技にダストアタックを割り込むことに成功。特に問題なく勝てる。チップはどう考えても手数とテクニックで負けていたのだが、なんせダスト→HS→HS→ごーいんぐでほぼピヨるもんだから勝ってしまう。しかし、中段技(ダストアタック含む)にこちらがダストで合わせるのはファウスト使いの基本ですな。5戦目のジョニーで惨敗するのだが。